烯的意思(烯的意思和含义是什么)

舍我其谁 2023-06-23 00:21:27 网友整理

语文课上的“令人制烯”

从学生初一一入学,我就强调工具书的重要性,要求学生上课时带《现代汉语词典》等工具书,使用工具书要做到拳不离手,曲不离口。

经过一周多时间,绝大多数同学都准备好了工具书,接下来的课就要带着他们用一用工具书。但采用什么样的方式切入,一直还没太想好,不想太刻意,让学生觉得是为了使用工具书而使用工具书,而要让他们在自然而然的过程中利用工具书。

课前,在班级门口的电子班牌上闪出了这样一条信息。

忽然灵机一动,哈哈,踏破铁鞋无觅处,得来全不费工夫。于是就有了下面的课堂现挂。

我在黑板上写下了这样四个字,准确说是两个汉字,两个拼音。

令 人 zhì xī

同学们都已经把工具书准备好了,这些工具书不是放在那里的摆设,而是要真正用起来,我们现在就来做一个小练习。

我刚刚在教室门口的电子班牌上看到了这样一幅图片,图片上面有这样四个字,我觉得比较有意思,现在请同学把我在黑板上写的这两个拼音通过查字典的方式,补上汉字。

注意,一个是补上这两个字,成为一个我们常用的短语。另外一个要补上的是化学课上的一个课程名称,是制造一种化合物。

第一个“窒息”很快就查到了,马上就有人上来写对了,对此学生没有异议。但第二个则发生了一些问题,因为我在讲述要求时已经明确是制造一种化合物,所以“制”这个字写对问题不大,关键是xī,写得五花八门。

第一个学生写成了“锌”,接下来的学生,有的写“锡”,还有的写“硒”。但一直没有写出正确答案。我提示他们不要仅仅使用《新华字典》,还要查一下《现代汉语词典》,可以试着查“乙xī”这个词条,会看到这是一种化合物,我依稀记得我当年学化学时,老师告诉过我们这种化合物可以作为水果催熟剂。

最终,在我的提示和帮助下,他们准确地完成了“令人制烯”这个短语的填写。由此展开来,我讲了四个知识点。

第一:语音流变

第一个同学写成了“锌”,是“xīn”和“xī”这两个读音没有区别开来。我们现在推广普通话,所以要有标准的普通话发音,我们可以以《现代汉语词典》最新版的读音作为标准。但同一个字的读音并不完全固定,一成不变,应该注意两个问题。

一个是方言问题。比如,在不同的方言区,虽然是同一个汉字,但是发音却不相同,比如,有一些地区h、f不分,这样的地区“福建人”就读成了“胡建人”;有一些地区l、n不分,于是就有了本来去了“河南”,你听起来以为出国去了“荷兰”的笑话。

另外一个是古今音问题。语音一直处在不断发展变化之中,所以有上古音,中古音等的区别,但这些并没有语音的资料,只是根据文字进行推测分析。现在我们读古诗时,还时常涉及到这个问题,比如,“远上寒山石径斜”的“斜”,“一骑红尘妃子笑”的“骑”等,大家为此争执不休。现在统一规定读今音。我个人认为,读准字音固然重要,但准确理解意思更重要。

第二:语境意识

我们从小学开始,就有关于拼音是否正确的考查,或者看拼音写词语的考查。需要注意,这一类考查从不单摆浮搁地考一个拼音或者一个字,而至少也要以一个词的形式来考查,这个词就是最小的语境。

汉字中有很多多音字,如果我们不将其放到具体的语境中,并不能判断某个多音字具体读什么音。除了多音字,也有相当数量的同音词,这时候,更要将其放到诸如语句或者段落这样的更为丰富的语境中去考查。因此我们学习一个字一个词,不能孤立地掌握它,而一定要放在具体的语境中才能更好地掌握它。

还有一个语境,不仅仅是同学熟悉的词语、句子或者段落篇章的语境,而是阅读的语境,或者说是知识储备的语境,比如,刚刚同学写成“锡”或者“硒”,而不能写出正确的“烯”,是因为缺少化学的一些知识背景,不知道化合物是什么。

第三:字源分析

回到常用的短语“令人窒息”上来,我们都知道“窒息”是呼吸困难甚至停止,但为什么“窒息”就是指喘不上气来呢?这就要有意识地从字源的角度去分析。

通过查阅网络工具书,我知道“窒”是形声字。从穴,至声。洞穴狭小阻塞,故从穴。本义:阻塞,不通。而是会意兼形声字。从心,从自,自亦声。自,鼻子。古人以为气是从心里通过鼻子呼吸的。本义:喘气;呼吸。其中“自”是象形字,甲骨文中“自”就是鼻子的形状。那为什么本来只是指鼻子的“自”后来又进一步引申为我们常用的“自己”的“自”了呢?因为我们在说自己的时候常常会指着自己的鼻子。你看,这种演变多有趣味。

当我们更深入地了解了“窒息”从字源上看是怎么回事。就能够既知其然又知其所以然了。所以,要经常查字典,使用工具书,不仅仅要有一般的常用纸质字典查阅音形义,对一些字词我们也要借助网络工具书,进一步追溯其字源,这样才能发现汉字之美。

第四:修辞问题

这个化学课上的题目,之所以引人关注,实际上隐藏了一个有意思的修辞。让我们因为这个修辞产生了很多联想,由“令人制烯”这个具体的课程内容,联想到“令人窒息”这个短语,再把这个课程内容和这个常用短语联系在一起,又会引发无尽的遐想。

这个修辞其实我们并不陌生,在同学熟悉的一些古诗文中曾经出现过,比如:“东边日出西边雨,道是无晴却有晴。”这个诗句表面看似在说晴朗之“晴”,而实际上却是在说情感之“情”。“春蚕到死丝方尽,蜡炬成灰泪始干。”这个诗句表面在说蚕丝之“丝”,而实际却是在说思念之“思”。这就是谐音双关。

又比如,《易经》中有“天行健,君子以自强不息;地势坤,君子以厚德载物”的说法,这两句话可以视为中华民族之精神。而在前几年雾霾严重的时候,“自强不息”和“厚德载物”两个成语被偷偷地变换为“自强不吸”和“厚德载雾”,在调侃与无奈中,暴露了很多复杂的情绪。

【课后反思】

1.这是温故而知新的一课。对学生来说,有一些是“温故”,一些是“知新”。只“温故”不“知新”,会令学生情绪过度放松甚至厌倦,反过来只“知新”不“温故”,则无法将前后所学的内容有机勾连起来。正是这样“温故”与“知新”的不断滚动,使得学生语文素养逐步得到提升。

2.这是利用真语境的一课。学习在具体语言环境中理解和运用语言,毫无疑问是语文学习的重中之重。但在一个“假语境”或者说一个“设计的语境”之下,学生的学习效果就不一定很好。“请君入瓮”甚至“关门打狗”的教学方式,很多时候会让学生厌倦甚至憎恨。

3.这是“有意”与“无意”的一课。虽然看起来是在无意中发现了“令人制烯”这一教学资源,但实际上却是“有意为之”。所讲的内容从字音到字源再到修辞,都是常见的语文知识和基本的语文能力,也是中高考常考的内容,都有具体的试题可以印证。但学生却觉得是“无意得之”,课堂上轻松愉快。不断用“××是考试重点,务必要掌握”这样的“狼来了”的方式吓唬学生,用不了多久学生就厌倦了,就脱敏了。

4.这是培育“大语文”观念的一课。时时处处都是语文,学语文不应该有课内课外之分,课本与非课本之分,口语与书面语之分,雅言与俗语之分。凡是存在文字的地方,存在语言的地方,都是学语文的地方,要时时处处学语文,时时处处用语文。

语文课上的“令人制烯”

从学生初一一入学,我就强调工具书的重要性,要求学生上课时带《现代汉语词典》等工具书,使用工具书要做到拳不离手,曲不离口。

经过一周多时间,绝大多数同学都准备好了工具书,接下来的课就要带着他们用一用工具书。但采用什么样的方式切入,一直还没太想好,不想太刻意,让学生觉得是为了使用工具书而使用工具书,而要让他们在自然而然的过程中利用工具书。

课前,在班级门口的电子班牌上闪出了这样一条信息。

忽然灵机一动,哈哈,踏破铁鞋无觅处,得来全不费工夫。于是就有了下面的课堂现挂。

我在黑板上写下了这样四个字,准确说是两个汉字,两个拼音。

令 人 zhì xī

同学们都已经把工具书准备好了,这些工具书不是放在那里的摆设,而是要真正用起来,我们现在就来做一个小练习。

我刚刚在教室门口的电子班牌上看到了这样一幅图片,图片上面有这样四个字,我觉得比较有意思,现在请同学把我在黑板上写的这两个拼音通过查字典的方式,补上汉字。

注意,一个是补上这两个字,成为一个我们常用的短语。另外一个要补上的是化学课上的一个课程名称,是制造一种化合物。

第一个“窒息”很快就查到了,马上就有人上来写对了,对此学生没有异议。但第二个则发生了一些问题,因为我在讲述要求时已经明确是制造一种化合物,所以“制”这个字写对问题不大,关键是xī,写得五花八门。

第一个学生写成了“锌”,接下来的学生,有的写“锡”,还有的写“硒”。但一直没有写出正确答案。我提示他们不要仅仅使用《新华字典》,还要查一下《现代汉语词典》,可以试着查“乙xī”这个词条,会看到这是一种化合物,我依稀记得我当年学化学时,老师告诉过我们这种化合物可以作为水果催熟剂。

最终,在我的提示和帮助下,他们准确地完成了“令人制烯”这个短语的填写。由此展开来,我讲了四个知识点。

第一:语音流变

第一个同学写成了“锌”,是“xīn”和“xī”这两个读音没有区别开来。我们现在推广普通话,所以要有标准的普通话发音,我们可以以《现代汉语词典》最新版的读音作为标准。但同一个字的读音并不完全固定,一成不变,应该注意两个问题。

一个是方言问题。比如,在不同的方言区,虽然是同一个汉字,但是发音却不相同,比如,有一些地区h、f不分,这样的地区“福建人”就读成了“胡建人”;有一些地区l、n不分,于是就有了本来去了“河南”,你听起来以为出国去了“荷兰”的笑话。

另外一个是古今音问题。语音一直处在不断发展变化之中,所以有上古音,中古音等的区别,但这些并没有语音的资料,只是根据文字进行推测分析。现在我们读古诗时,还时常涉及到这个问题,比如,“远上寒山石径斜”的“斜”,“一骑红尘妃子笑”的“骑”等,大家为此争执不休。现在统一规定读今音。我个人认为,读准字音固然重要,但准确理解意思更重要。

第二:语境意识

我们从小学开始,就有关于拼音是否正确的考查,或者看拼音写词语的考查。需要注意,这一类考查从不单摆浮搁地考一个拼音或者一个字,而至少也要以一个词的形式来考查,这个词就是最小的语境。

汉字中有很多多音字,如果我们不将其放到具体的语境中,并不能判断某个多音字具体读什么音。除了多音字,也有相当数量的同音词,这时候,更要将其放到诸如语句或者段落这样的更为丰富的语境中去考查。因此我们学习一个字一个词,不能孤立地掌握它,而一定要放在具体的语境中才能更好地掌握它。

还有一个语境,不仅仅是同学熟悉的词语、句子或者段落篇章的语境,而是阅读的语境,或者说是知识储备的语境,比如,刚刚同学写成“锡”或者“硒”,而不能写出正确的“烯”,是因为缺少化学的一些知识背景,不知道化合物是什么。

第三:字源分析

回到常用的短语“令人窒息”上来,我们都知道“窒息”是呼吸困难甚至停止,但为什么“窒息”就是指喘不上气来呢?这就要有意识地从字源的角度去分析。

通过查阅网络工具书,我知道“窒”是形声字。从穴,至声。洞穴狭小阻塞,故从穴。本义:阻塞,不通。而是会意兼形声字。从心,从自,自亦声。自,鼻子。古人以为气是从心里通过鼻子呼吸的。本义:喘气;呼吸。其中“自”是象形字,甲骨文中“自”就是鼻子的形状。那为什么本来只是指鼻子的“自”后来又进一步引申为我们常用的“自己”的“自”了呢?因为我们在说自己的时候常常会指着自己的鼻子。你看,这种演变多有趣味。

当我们更深入地了解了“窒息”从字源上看是怎么回事。就能够既知其然又知其所以然了。所以,要经常查字典,使用工具书,不仅仅要有一般的常用纸质字典查阅音形义,对一些字词我们也要借助网络工具书,进一步追溯其字源,这样才能发现汉字之美。

第四:修辞问题

这个化学课上的题目,之所以引人关注,实际上隐藏了一个有意思的修辞。让我们因为这个修辞产生了很多联想,由“令人制烯”这个具体的课程内容,联想到“令人窒息”这个短语,再把这个课程内容和这个常用短语联系在一起,又会引发无尽的遐想。

这个修辞其实我们并不陌生,在同学熟悉的一些古诗文中曾经出现过,比如:“东边日出西边雨,道是无晴却有晴。”这个诗句表面看似在说晴朗之“晴”,而实际上却是在说情感之“情”。“春蚕到死丝方尽,蜡炬成灰泪始干。”这个诗句表面在说蚕丝之“丝”,而实际却是在说思念之“思”。这就是谐音双关。

又比如,《易经》中有“天行健,君子以自强不息;地势坤,君子以厚德载物”的说法,这两句话可以视为中华民族之精神。而在前几年雾霾严重的时候,“自强不息”和“厚德载物”两个成语被偷偷地变换为“自强不吸”和“厚德载雾”,在调侃与无奈中,暴露了很多复杂的情绪。

【课后反思】

1.这是温故而知新的一课。对学生来说,有一些是“温故”,一些是“知新”。只“温故”不“知新”,会令学生情绪过度放松甚至厌倦,反过来只“知新”不“温故”,则无法将前后所学的内容有机勾连起来。正是这样“温故”与“知新”的不断滚动,使得学生语文素养逐步得到提升。

2.这是利用真语境的一课。学习在具体语言环境中理解和运用语言,毫无疑问是语文学习的重中之重。但在一个“假语境”或者说一个“设计的语境”之下,学生的学习效果就不一定很好。“请君入瓮”甚至“关门打狗”的教学方式,很多时候会让学生厌倦甚至憎恨。

3.这是“有意”与“无意”的一课。虽然看起来是在无意中发现了“令人制烯”这一教学资源,但实际上却是“有意为之”。所讲的内容从字音到字源再到修辞,都是常见的语文知识和基本的语文能力,也是中高考常考的内容,都有具体的试题可以印证。但学生却觉得是“无意得之”,课堂上轻松愉快。不断用“××是考试重点,务必要掌握”这样的“狼来了”的方式吓唬学生,用不了多久学生就厌倦了,就脱敏了。

4.这是培育“大语文”观念的一课。时时处处都是语文,学语文不应该有课内课外之分,课本与非课本之分,口语与书面语之分,雅言与俗语之分。凡是存在文字的地方,存在语言的地方,都是学语文的地方,要时时处处学语文,时时处处用语文。

聊一聊结构优化

前言

结构优化的过程是获得合理结构的过程。所谓合理的结构,大多数场景下为在某些限制下能量更低的结构。这些限制,可以是结构维度的限制(比如限制为二维材料)、晶格的限制(比如施加了应变、放置于衬底上)、元素分布的限制(比如进行吸附时要求吸附物的空间分布)、对称性的限制(比如双层二维材料不同的堆垛方式导致体系对称性不同)。若使用不合理的结构进行后续的计算,比如体系能量、电子结构、磁态的计算结果就会出现较大的误差甚至是致命错误。

一、对结构优化影响较大的计算参数

1、一些解释:

1) 弛豫:在本文里即为结构优化的意思。

2) 电子步:自洽迭代时一次迭代称作一个电子步。

3) 离子步:一次自洽计算称作一个离子步。自洽计算通常需要进行多步迭代,即一个离子步包含多个电子步。

4) 分步优化:在结构优化时,可以先使用较低精度的参数组合,快速获得一个较为合理的结构;然后再使用更高精度的参数组合进一步优化,直至获得合理的结构。这里的分步即是多次结构优化计算。所谓的较为合理的结构,其反面对应的是离合理情况较远的的结构,常见的有:未弛豫的间隙原子掺杂、空位原子、表面小分子吸附、手动搭建的新结构等。特别是对于构建了缺陷的大体系,使用分步优化甚至可以节省一半以上的计算耗时。关于分步优化的进一步讨论见下文。

5) k-spacing:在倒空间中在 ka,kb,kc 三个倒格矢上相邻 k 点的距离,由 KPOINTS 文件控制。

6) 如何获得初始结构 POSCAR:

从现有的材料数据库中导出 cif 文件,然后使用 VESTA 或者 VASPKIT 把 cif 文件转换为 POSCAR 格式的文件。常用数据库有:

https://materialsproject/#search/materials/http://www.aflowlib/https://materials.springer/periodictable#

基于现有结构搭建。有许多软件都可以用于建模,常用的有 Materials Studio (简称 MS) 。使用 MS 建好模型后,导出 cif 文件,然后使用 VESTA 或者 VASPKIT 把 cif 文件转换为 POSCAR 格式的文件。

7) 结构优化的过程见下列简单的流程图 (简单绘画,一些不当的细节请忽略):VASP 会对当前结构进行自洽迭代获得该结构的电荷密度,计算该结构的能量和原子受力,然后判断是否达到结构优化收敛判据。若没达到,则生成新结构,使用新结构进行自洽计算 … 如此往复,直至达到收敛判据或者达到设定的最大离子步数 (NSW 控制),计算退出。如何判断弛豫是否完成见下文 “结构优化需要收集的信息” 。

8) 备注:个人只使用过负的 EDIFFG,在此不考虑正数 EDIFFG 的情况。

2、PREC、ENCUT、EDIFF、KPOINTS 这四个参数会显著影响电子迭代的速度、以及得到的结果的精度。自洽迭代的精度会进一步影响各个原子上受力的精度。

1) 对于大体系或者离合理结构较远的体系的结构优化,强烈建议进行分步优化。个人常用的分步优化方案见下文 “个人常用分步优化方案” 。

2) 注意:k-spacing 为倒空间中 k 点的间隔,也表达了倒空间中 k 点密度, k-spacing 越小,k 点密度越高。需要提醒的是,有的帖子里通过 ka (其中a为a方向/b方向/c 方向的晶格常数,k 为该方向晶格对应倒格矢方向的 k 点数目) 来预判 KPOINTS 中给定的 k 点间隔/k点密度。这种方法对于正交晶系是适用的,1/ka 即为 k-spacing。根据倒格矢定义,a 方向晶格矢量 a ⃗ 与该方向倒格矢 (k_a ) ⃗ 点乘为 1。注意,是矢量点乘为1。在正交晶系中,正格矢和倒格矢方向相同,使得倒格矢大小即为正格矢的倒数,因此该方法可以使用。但对于非正交晶系不建议使用这种方法。原因是:对于非正交晶系, a ⃗ 不一定与 (k_a ) ⃗ 在同一方向上。正晶格夹角越偏离 90°,a ⃗ 不变的前提下,|(k_a ) ⃗ | 越大。用下面截图的方法预判 k 点密度越离谱。(若对这一讨论有疑问,建议找几个属于不同晶系的结构手动算一下 k 点间隔)。

注:k_a 中a代表下标,上面箭头是表示矢量,下文同。

3、ISPIN 参数确定自洽计算是否考虑自旋极化。若考虑自旋极化,自旋向上和自旋向下的电子将被当作不同的对象进行处理,此时电子步耗时会增加 (有时还会导致自洽迭代步数增加,甚至导致自洽迭代不收敛) 。对于暂不确定是否有磁性的体系,建议在结构优化时打开 ISPIN =2,并设置合理的 MAGMOM 值。若进行分步优化,我自己在第一步低精度优化时会考虑关掉自旋极化 (即 ISPIN = 1) (对于小体系,我可能会在此时直接打开 ISPIN=2 ) ,而在后面高精度结构优化时打开 ISPN=2。

4、ALGO、IMIX (及 IMIX 相关参数) 控制电子自洽迭代的算法,既影响每一步电子步耗时,也影响自洽收敛所需电子步数。关于这一参数的具体讨论可参考本人的帖子《加快磁性材料电子迭代收敛经验小结》。

5、LREAL 同样会影响电子迭代速度和计算精度。贴一段手册中对这一参数的描述:We recommend to use the real-space projection scheme for systems containing more than 20 atoms.

1) 根据手册描述,若体系原子大于 20 个,可以考虑使用 LREAL=Auto。

2) 若关注的性质需要误差很小,比如极小的带隙 (meV 范围),磁各向异性能 (多在 μeV 范围内),建议使用 LREAL=.FALSE. 。

3) 同样,若做分步优化,在第一步粗精度优化时,若体系原子大于 20 个,个人会考虑使用 LREAL=Auto。

6、EDIFFG,负值为每个原子上的最大受力。若体系中每个原子受力小于该值,则判断为达到结构优化要求,完成计算。若做分步优化,在第一步粗精度优化时,个人常用 EDIFFG=-0.05 ~ -0.08,最后的精优化常用 EDIFFG=-0.01。

7、NSW,结构优化中最大离子步数。若计算 NSW 步离子步后,结构优化依然不收敛,则退出计算。若做分步优化,在第一步粗精度优化时,根据个人经验,NSW 最大设成 200 即可。第一步粗优化跑完 200 步依然不收敛也没有关系,此时我们的目的 (获得较合理的结构) 已经达到了,可以考虑进行下一步的精优化。

8、ISYM,控制自洽迭代时是否需要考虑对称性。结构优化时多用 ISYM=0 或 ISYM=2。设置 ISYM=2 打开对称性的话,VASP 中会涉及如下操作:

1) 确定结构的对称性:结构所属的布拉维晶格类型、点群和空间群。

2) 布拉维格子类型在 OUTCAR 中“LATTPY”关键字后面打印出来 (阅读 VASP 源代码可知)。

3) 在 “LATTPY” 关键字后面几十行,打印了体系所属点群信息 (其中包括 static configuration 和 dynamic configuration,我目前还不确定这两个具体都有什么区别) 。

4) 如果体系打开了自旋极化 (ISPIN=2),还会给出考虑了磁态后所属的点群。MAGMOM 的设置会影响这一对称性。要提一句的是,MAGMOM 的正负值不影响磁态所属点群,其绝对值才影响磁态所属点群。以 CrI3 结构为例,CrI3 属于 D3d 点群。若 MAGMOM = 6*0 2*3,此时磁态属于 D3d 点群。若把其中一个 Cr 原子初始磁矩设为设为负数,即 MAGMOM = 6*0 3 -3,此时磁态依然属于 D3d 点群。若改变一下 Cr 原子初始磁矩大小,比如 MAGMOM=6*0 3 3.5,此时磁态属于 D3 点群。

5) 确定考虑了对称性后用于计算的不可约 K 点,查看 IBZKPT 文件可见。此时用于计算的 K 点个数减少,电子步耗时将减少,计算速度加快。

9、若还未确定合理结构所属对称性:在进行分步优化,个人建议在第一步粗优化时不要加上对称性 (即设置 ISYM=0) 。关于对称性的更具体讨论见下文。

10、IBRION,控制产生新结构的算法。若进行分步优化,个人在第一步粗优化时使用 IBRION=2。若认为当前结构离合理结构比较接近,个人会考虑换用 IBRION=1。IBRION 参数的说明从手册中摘抄如下:

IBRION=1:对于初始结构接近局域极小时是最好的选择IBRION=2:比较可靠,弛豫困难时,推荐使用IBRION=3:对非常糟糕的初始结构进行弛豫时可考虑使用

11、ISIF,在产生新结构时,决定晶胞和原子如何变化。手册中有一个表格说明了不同 ISIF 值对应什么意思,此处不再摘抄下来。我个人常用的 ISIF 解释如下:

1) ISIF=2:保持晶格常数不变,仅弛豫原子。施加双轴应变进行结构优化,或者弛豫零维体系时,就需要使用 ISIF=2。一些复杂体系弛豫时,为了加快结构优化,第一步粗优化也可以考虑使用 ISIF=2 弛豫后,再在后面的精优化中使用 ISIF=3。

2) ISIF=3:在弛豫原子时,也弛豫晶格。在弛豫晶格时,可以通过修改 VASP 源代码 constr_cell_relax.F 文件,实现一些 VASP 手册中没有提到的结构优化方式,比如固定某个晶格的优化,具体讨论见下文。在计算二维材料时,在设置了足够大的真空层后,个人喜欢使用 ISIF=3,并在优化时固定住 c 方向晶格 (真空层位于 c 方向) 。

12、POTIM,(简单理解为) 在产生新结构时,控制原子移动的距离。VASP 会根据原子上的受力以及 POTIM 计算原子移动的距离。POTIM 越大,原子移动的距离越大。

1) 在作分步优化时,对于极度不合理的结构,第一步粗优化个人有时会考虑设置增大 POTIM 值 (如 POTIM=0.2),加快原子移动到较合理的位置。

2) 若结构经多次弛豫依然无法收敛,此时结构可能离合理结构非常接近,但一直在势能极小值点附近振荡,此时将 POTIM 值调小,使用 IBRION=1 会有助于结构的收敛。

二、几种常见情况及讨论

1、对称性的影响:在结构优化过程中,对称性极为重要。寻找合理结构的过程,一方面也是确定结构对称性的过程。对称性主要影响三个方面:

1) 计算速度:

考虑了对称性后,只需要使用简约区内的 k 点进行积分计算,电子步耗时缩短。同时,原子受力也会受到对称性的影响,原子只能在对称性允许的方向上移动,保证结构的对称性不会降低 (在弛豫过程中,结构对称性可以升高,但不会降低) 。一般情况下,给体系加上合理的对称性会使得体系更快收敛到合理的结构。但若加上不合理的对称性,会导致以下两个问题。在个人常用分步优化方案中说明了如何寻找结构合理的对称性。

2) 体系的合理性:

a) 在搭建新结构时,以某纯平面二维材料中掺入过渡金属 (TM) 为例。如果在初始搭建模型时,TM 与二维材料处于同一平面,那么在弛豫时,(即使不加对称性 ISYM=0) ,TM 在垂直平面方向受力始终为0,弛豫后整个材料依然会保持纯平面的结构。但如果 TM 稍微突出二维材料平面,弛豫后 TM 及其附近的二维材料出现较大起伏。两种结构的能量对比如下表,此时后者体系能量明显低于前者。

b) 往体系中掺杂间隙原子 (比如上例) ,或者从已有结构做元素替换成新结构 (比如从 MoS2 出发把 Mo 替换成其他 TM,或者把一部分的 S 替换成其他元素) ,个人建议在构建初始结构时,手动移动某些关键原子,尽量使得结构只具有 P1 对称性,避免初始结构处于势能面上某些特殊点。这样往往可以获得能量更低的结构。

3) 对电子结构(主要是对与能带相关的量)的影响:以石墨烯为例。如果关注石墨烯布里渊区高对称点 K 点处的性质。如果在结构优化时,没有找到正确的对称性 (D6h),而 VASP 给确定成了 C2h 对称性。C2h 对称性的石墨烯晶格常数 a ≠ b,格矢 a 和 b的夹角可能与 120°存在一定偏差,这会导致该结构倒空间中的高对称点 K 点与真正的 K 点 (D6h 对称性的石墨的 K 点) 有偏离,进一步导致与 K 点有关的量存在计算误差。而这个误差,是可以通过给结构加上正确的对称性完全避免的。

2、个人常用分步优化方案:对于基于现有结构产生的新结构 (比如构造缺陷,元素替换,原子位置调整) 和纯粹手搭的全新结构,常常需要多次优化才能获得合理结构。以两步优化为例,个人常用优化方案如下:

1) Step1:手动微调一些原子,使其只具有 P1 对称性 (比如在 MS 中以 0.01Å 的精度找到的对称性为 P1 )。

PREC = MISPIN = 1EDIFF = 1E-04 (若体系较小或者认为离合理结构较近,考虑使用 1E-05)EDIFFG = -0.05 (若体系较小或者认为离合理结构较近,考虑使用 -0.03;若体系很大,考虑使用 -0.08)LREAL = Auto (原子数目大于 20 使用 Auto,小于 20 使用 .FALSE.)NSW = 200IBRION = 2ISIF = 3 (有的时候使用 ISIF = 2 也是不错的选择)IEAR = 0, SIGMA = 0.1ISYM = 0K-spacing = 0.03Å-1 ~ 0.04Å-1

2) Step2:将 step1 获得的结构导入 MS 中,按照 0.05 Å ~ 0.1Å 的精度寻找对称性并加上该对称性。该对称性可能会是体系合理的对称性。

PREC = NISPIN = 2 (若认为体系没有磁性,可使用 ISPIN = 1)EDIFF = 1E-06 EDIFFG = -0.01LREAL = Auto (原子数目大于 20 使用 Auto,小于 20 或者想进一步提高计算精度,则使用 .FALSE.)NSW = 200IBRION = 2ISIF = 3IEAR = 0, SIGMA = 0.1 (见下面讨论)ISYM = 2K-spacing = 0.02Å-1 ~ 0.025Å-1POTIM (可以不调整,若体系多次优化依然不收敛,使用更小的 POTIM 值)

3) 在 step1 的基础上,可以大致判断出体系为金属还是半导体,判断方法见本人帖子《加快磁性材料电子迭代收敛经验小结》。根据体系是半导体还是金属,调整 IEAR 和 SIGMA。

半导体:IEAR=-5金属:IEAR=1,SIGAM=0.1。可以继续使用 IEAR=0,但是需要根据 EENTRO 设置合理的 SIGMA 值。对于金属,根据 step1 中最后的 EENTRO 值调整 SIGMA 值,尽可能使得 EENTRO/atom 在 1meV ~ 2meV。(SIGMA 越大,EENTRO 最大)。

4) 每一步需要收集相应的信息,见下文。如果 POSCAR 和 CONTCAR 的晶格常数差别较大,优化过程中使用的平面波对 CONTCAR 的描述可能已经有较大的偏差,(即使在 step2 中弛豫收敛了) 需要考虑使用 CONTCAR 进一步优化。个人常用的标准为 1% (即 POSCAR 和 CONTCAR 晶格常数只差的最大值)。

3、已有结构的优化:对于已知对称性的结构,可以直接加上其对称性,使用合理的晶格常数进行优化。

4、固定某个晶格的优化:通过修改 VASP 源代码 constr_cell_relax.F 文件,实现一些 VASP 手册中没有提到的结构优化方式,比如固定特定晶格的优化 (目前个人认为也能够实现固定特定晶格夹角的优化,未来若实现了这一功能,会发布详细的讨论及说明) 。如何实现固定特定晶格的优化,可以参考刘锦程博士的博文:/d/file/gt/2023-05/igftyusnian 。需要提醒的是:

1) OPTCELL 文件中 0 和 1 之间是没有空格的。

2) 刘锦程博士的博文中还讨论了一种情况:将 OPTCELL 中上三角矩阵元设为 0 可以使得在弛豫过程中晶胞晶格不发生转动。但个人认为这么做可能存在一定的风险。具体讨论如下:

a) 简单起见,假设晶格 c 轴垂直于 ab 轴平面。同时假设 a 轴沿笛卡尔坐标系 x 轴正方向(即 L_ax > 0),b 轴 x 方向分量 L_bx > 0 且 y 方向分量 L_by > 0。示意图如下:

b) 格矢变换矩阵为:其中 F 矩阵为 FCELL 矩阵,L 矩阵为 A_OLD 矩阵,其中正数标记为绿色。

c) 在 L_ax、L_bx、L_by 均大于 0 的情况下,在 F 矩阵元取不同值时,等式右边晶格增量矩阵中 a 晶格在 x 和 y 方向的增量:F_ax*L_ax+F_ay*L_bx 和 F_ay*L_by ,可能是正值也可能是负值,一共有四种情况,见下图。

d) 若将 F_ay 矩阵元置零,则 a 晶格在 x 和 y 方向的增量分别从 F_ax*L_ax+F_ay*L_bx 和 F_ay*L_by 退化为 F_ax*L_ax 和 0。这时除了 y 方向增量被置零,x 方向的增量也受到了影响。若 F_ax > 0,对应 F_ax*L_ax> 0,此时若 F_ay < 0,是有可能导致 F_ax*L_ax+F_ay*L_bx<0 的。也就是说,将 F_ay 矩阵元置零前后,a 晶格在 x 方向增量正负值可能会不一样,导致 a 晶格朝着相反的方向变化。

三、结构优化后需要收集的信息

1、在完成结构优化后,务必要搜集整理好相关的信息。下图为本人结构优化完成后使用脚本获得的基本信息。截图中每个量的含义介绍如下。判断结构是否完成弛豫主要看下面标红色的指标。

1) E0:OUTCAR 中最后一个 energy(sigma->0) 对应的能量。为最后给出的体系的能量

2) EENTRO:OUTCAR 中最后一个 EENTRO 值。为最后给出的体系的 “熵” 值。

3) require:搜索 OUTCAR 中是否打印了 【reached required accuracy - stopping structural energy minimization】 这一句话。若有,则说明弛豫收敛了,显示 “reached” 。

4) pressure:OUTCAR 中最后一个 external pressure 对应的值。对于不加压计算,其绝对值通常小于 1。

5) time:OUTCAR 中 Elapsed time 对应的时间。为计算耗时。

6) MAGNE:OSZICAR中最后一个 mag 对应的能量。为最后给出的体系的总磁矩。

7) Edisp:OUTCAR 中最后一个 Edisp 对应的能量。为考虑了 vdw 校正,最后给出的 vdw 校正能量。若不设置 vdw 校正,则输出 “--” 。

8) Pullay:OUTCAR 中最后一个 Pullay stress 对应的值。不加压计算,该值为 0。

9) sta_sym、dyn_sym、mag_sym:分别为 static configuration、dynamic configuration、magnetic configuration 对应的点群。

10) diff(%):三个格矢三个分量以及各个晶格常数 (POSCAR - CONTCAR)/POSCAR 值。在 Total 一栏中的值若大于 1%,我个人会考虑再次优化。

11) subt(A):三个格矢三个分量以及各个晶格常数 (POSCAR - CONTCAR) 值。

2、若体系弛豫是打开了自旋极化 (ISPIN=2),还需要搜集整理磁矩相关的信息。

mag_tot:OSZICAR中最后一个 mag 对应的能量。为最后给出的体系的总磁矩。即为上一个截图中的 MAGNE。ISPIN:若设置了 ISPIN=1,或者每个原子磁矩绝对值都小于 0.01,则该值为 1。atom_nam:元素符号。atom_mag:OUTCAR 中最后一个离子步结束后给出的原子磁矩。

3、下图为个人将上述信息简要记录到 word 文件中所用的模板:

4、上述两个截图均由脚本生成,脚本稍后会上传至 qq 群 (432953524,DFT计算之家-砥砺前行)。

四、其它讨论

1、结构优化给出的态密度是否可用:阅读手册 DOSCAR 的介绍部分,可以看到在弛豫时,DOSCAR 包含的是平均 DOS。手册不建议使用弛豫时的 DOSCAR。“For dynamic simulations and relaxations, an averaged DOS and an averaged integrated DOS is written to the file.… Mind: For relaxations, the DOSCAR is usually useless.”。个人认为,如果弛豫时离子步只跑了很少的步数 (比如 20 步以内),结构没有发生较大变化,即弛豫过程体系电子结构没有发生较大变化,可以通过弛豫输出的 DOSCAR 获得体系的 DOS,从而大概判断体系为金属还是半导体,带隙大小。

2、结构优化给出的能量是否可用:如果在弛豫过程中,晶格变化较小 (比如晶格常数相差 5% 以内,晶格夹角相差 5% 以内),结构没有发生较大的变化,可以使用弛豫给出的体系能量做一些快速判断 (比如吸附能,铁磁反铁磁能量差)。更进一步,弛豫在 20 步以内快速收敛,且晶格变化非常小 (1% 以内),结构优化给出的数据与后续静态计算给出的数据几乎是一样的。下表为某体系吸附小分子的吸附自由能比较,可以看到分别使用弛豫和自洽计算的能量获得的吸附自由能相差在 1meV 以下。需要进一步说明的是,若要获得更加准确的能量,建议增加 K 点进行自洽计算。

五、总结

1、结构优化的重要性无论如何强调都不为过。

2、一定要花时间做各种检查:计算前检查初始文件,计算中检查弛豫过程,计算后检查结构及各种指标。

3、一定要花时间记录好弛豫后的信息,特别是对于磁性体系,强烈建议记录好结构的磁矩信息。之后的计算,包括单点能计算,能带计算,声子谱计算,都应该检查自洽结束后输出的磁矩信息,确保体系收敛到了弛豫给出的磁态。

VASP计算常见问题有效解决方法

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